圣彼得镣铐教堂经历多次的修复和重建,其中有罗马教皇艾德里安一世(Pope Adrian I)进行的修复,以及罗马教皇西克斯图斯四世(Sixtus IV,1414年7月21日—1484年8月12日)和朱利欧二世(Pope Julius II,1443-1513)进行的重建。1505年教皇朱利欧二世命令米开朗基罗开始为其墓地制作40座葬礼纪念雕像。然而不久,教皇又要求米开朗基罗翻修圣彼得大教堂,于是墓地工程被搁置一边。1513年教皇去逝后,米开朗基罗重新开始着手墓地的建设,但他仅仅完成了《垂死的奴隶》(现存于巴黎和佛罗伦萨)与《摩西》两尊雕塑,很快他又被命令去绘制西斯廷教堂的《最后审判日》。教堂在1875年还进行翻新,当时还加入一些现代化设施。