拉特兰圣乔凡尼大教堂是基督教世界第一个主教教堂，也是罗马第一个大教堂，是由教皇圣梅尔凯亚迪兹(Melchiades)在公元311年修建于拉特兰家族的土地上，这些地方是康斯坦丁的妻子法乌斯塔赠与给教皇的。从公元5世纪，这里变成了教皇的官邸。大部分人们也称这座教堂是"世界所有教堂的领袖和母亲"。后来，它又成为奉献圣乔凡尼的教堂。在1308年一场大火被毁后，拉特兰圣乔凡尼大教堂以巴洛克风格进行了重建。后来教皇被流放到阿维尼翁，教堂一直都衰败不堪，当1377年教皇重返罗马时，被迫转移到梵蒂冈居住，从那时起，拉特兰失去了往日光芒。西斯托五世(Sixtus V)于I586年委托丰塔纳 (Domenico Fontana)拆除了这个教堂几乎所有的建筑，包括著名的中世纪小圣堂，以建造一座教皇的夏宫，只留下了康斯坦丁时期建的大殿、初期教会的洗礼堂，和中世纪罗马最具代表性的小堂一"至圣小堂"(Sancta Sanctorum)。
改建里的一项工程是把"至圣小堂"独立开来。他命人把大教堂的一段28级大理石台阶，用作通往至圣小堂的台阶。自十五世纪开始，这台阶便被认为是来自比拉多总督府(Praetorium)的，耶稣当年就是沿这台阶走去接受审判，因此它又被称为"圣梯(Scala santa)"。建造者只用了一夜的时间，便把圣梯从大教堂移到至圣小堂。从那时起，圣梯和至圣小堂这两处信徒们特别崇敬的朝圣点，便连成一体。走上圣梯的尽头，信徒可透过一扇装有铁栅的小窗，窥见小堂内著名的"非人手所绘的(acheiropoieta)"救世主圣像。这幅画被安置在祭台后一个饰有浮雕的银匣中。据说，这幅被视为救世主真肖像的圣像画，是圣路加开始绘画，最后由天使之手完成的，是罗马现存圣像画中最神圣的一幅。每年八月十五日或遇到大灾难，教皇都会以游行方式将此圣像画恭送至圣母大殿，与名为"罗马人民的救星(Salus Populi Romani)"的圣母像相会。
1735年，克莱门特十二世(Clement XII)责成加利莱(Alessandro Galilei)设计建造一座带有12尊雕塑的新教堂正面，雕塑有6米高，最中间是基督耶稣，其他的都是基督的信徒们。
1929年梵蒂冈与意大利政府签署了拉特朗协约，使拉特兰圣乔凡尼大教堂，圣保罗教堂和圣玛丽亚教堂享有治外法权 (exterritoriality)成为梵蒂冈不可分割部分。