1496年，曼努埃尔一世(Manuel I)请求教廷允许他在塔霍河(Tagus River)岸边，里斯本的入口处修建一个大型的修道院.1501年修道院开工，花了大约100年时间才修好。从大门往右边走可看到亨利王子与基督十二门徒的雕塑，修道院的两翼则分别是着名诗人卡莫艾斯与探险家维斯科．达．加玛的坟墓。修道院内部八角形回廊则有雕工精细的石雕，中庭是漂亮大方的玫瑰花园。
曼努埃尔一世和他的后代都埋葬在教堂高坛和耳坛下面的大理石坟墓里。杰洛尼莫许修道院通常被认为是曼努埃尔式建筑的典范。独一无二和美丽的曼努埃尔式建筑是结合了晚期哥特式风格，文艺复兴时期风格，皇室风格，基督教风格的综合产物。
曼努埃尔国王选择了圣哲罗姆(Saint Jerome)作为教堂的供奉。教堂也成为祈祷国王的灵魂，以及给远离里斯本开发其他大陆的海员和航海家以精神安慰。
1833年，由于宗教团体的解散，修道院也被清除成为国家的财产，直道1940年它都是一个学校。很早的时候修道院就已经是葡萄牙国家的象征。主要因为，一是它总是和葡萄牙王室密切相关，二因为修道士的良好的工作和智力能力，三是它和伟大的探索发现时期紧密相连，最后是因为是位于里斯本港口的入口处。
今天，这里不仅是一个值得注意的建筑，而且也是一个葡萄牙文化的主要组成部分。在1984年，杰洛尼莫许修道院已经成联合国教科文组织的世界文化遗产。