1639年到1658年这段期间，伦勃朗曾住在故居博物馆现在的地方.故居最早建于1606和1607年，位于城市的东部，当时很多富商和艺术家都迁到这边。大约在1627-1628年这所房子曾被大幅度的改造。
1639年伦勃朗签了一个分期付款合约去购买这座房子。购买价格是13000荷兰盾，由于数额很大，他无法一次性支付，因此选择分期付款。当时的伦勃朗其实已经是著名的艺术家。他是画了巨作"夜巡"之后同年买了这所房子。尽管因为"夜巡"，他赚了很多钱，但是伦勃朗不能或者不愿意还清所有贷款。这使他最终发生财政危机。
在1652到1656年伦勃朗疯狂的想得到钱去还债，但是他最终还是被迫破产。1656年，他的财产被债权人获得，而他的不动产和艺术收藏品被拍卖。这所房子在1658年被拍卖了大约11000荷兰盾。伦勃朗也搬到了Rozengracht的一个小出租房子里，他在那里一直生活到1669年去世。
在1660-62年，伦勃朗故居被一分为二，到19世纪末，这里一直有几个家庭在居住。在这期间，房子被改造了几次，状况一直不佳。如果不是伦勃朗曾在这里居住过，房子很早就已经被拆除。1906年举办伦勃朗展览的时期。阿姆斯特丹市政府买下了这所房子，1907年改建成伦勃朗博物馆。改建者尽量想将房子复原为17世纪中期伦勃朗居住时的原貌，但都没有实现。1911年，改建工作完成，威廉敏娜女王主持了博物馆开幕。
博物馆开始初期，通过购买和获得赠送，馆藏的蚀刻版画稳定增加。博物馆一般定期都有一些临时展览，但是内部装饰很少被改变。在1990年博物馆进行了一些扩建，在1998年重新开放。自从重建完成，重新按照原貌改建的计划再次被进行，经过建筑学家和历史学家的努力，这项工作在1999年完成。